Parametry jak w wariancie 1. Wjazd z łącznicy na LK9 z v=60. 
Przesunięcie peronu SKM na Politechnice, oraz nowa lokalizacja peronów przy LK249/LK227, 
umożliwiająca maksymalne skrócenie i ułatwienie przesiadek w kierunku Nowego Portu. 
Wydłużenie tunelu w ciągu LK227 oraz budowa trzech nowych tuneli dla pieszych pod torami. 
Dojście od strony węzła Kliniczna — do ustalenia.
1. Gdańsk Główny, głowica południowa
	
2. Gdańsk Główny, korekta lokalizacji peronów
	
3. Gdańsk Główny, głowica północna
	
4. Łuk o promieniu 680m, v=120 przy przechyłce 150mm i adop=0.65
	
5a. Gdańsk Stocznia W1
	
5b. Gdańsk Stocznia W2
	
6. 
	
7. Tunel o długości ~125m pod LK250 i torem nieparzystym LK9
	
8a. W1
	
8b. W2
	
9a. Gdańsk Politechnika W1
	
9b. Gdańsk Politechnika W2
	
Ortofotomapy pochodzą z IPG miasta Gdańska